Desempeño de métodos moleculares para la identificación de subtipos poco comunes del virus de la hepatitis C, genotipo 2 / Performance of molecular methods for identification of unusual subtypes of hepatitis C virus genotype 2

Resumen Introducción. El virus de la hepatitis C (HCV) presenta una gran variabilidad genética, con siete genotipos y numerosos subtipos. La determinación del tipo viral ha sido fundamental para la escogencia y la duración del tratamiento antiviral adecuado. En Venezuela, el genotipo 2 del HCV es relativamente diverso, siendo particularmente prevalente el subtipo 2j. Objetivo. Evaluar el desempeño de las metodologías para la determinación del genotipo del HCV, particularmente para la identificación del subtipo 2j. Materiales y métodos. Se determinaron el genotipo y el subtipo del HCV mediante la técnica de hibridación inversa LiPA (Line Probe Assay) y secuenciación de las regiones genómicas 5'NC y NS5B del virus. Resultados. En 65 muestras analizadas, la metodología basada en la amplificación de la región 5'NC mostró mayor sensibilidad (100 %), en comparación con la técnica LiPA (91 %) y la secuenciación de la región NS5B (77 %). La determinación de genotipo, tomando como método de referencia la secuenciación de NS5B, mostró un alto grado de concordancia para la secuenciación de la región 5´NC y la hibridación inversa LiPA, con 100 % en la asignación de genotipos, comparado con 70 % y 66 % para los subtipos, respectivamente. La secuenciación de la región NS5B permitió identificar los subtipos 2j y 2s, los cuales no fueron detectados por las otras metodologías. No se observó un patrón característico para las muestras subtipo 2j en la hibridación inversa LiPA. Conclusión. Aunque es la metodología con menor sensibilidad, la secuenciación de la región NS5B es una herramienta poderosa para la correcta discriminación de los distintos subtipos circulantes del HCV, lo cual reviste importancia epidemiológica.

Abstract Introduction: Hepatitis C virus (HCV) displays high genetic variability, with seven genotypes and numerous subtypes. The determination of the viral type has been essential for the selection and timing of antiviral treatment. In Venezuela, HCV genotype 2 is relatively diverse, being particularly prevalent subtype 2j. Objective: To evaluate the performance of methodologies for genotyping HCV, particularly for identification of subtype 2j. Materials and methods: HCV genotype and subtype were determined by reverse hybridization technique (LiPA) and sequencing of the HCV 5'UTR and NS5B regions. Results: A total of 65 samples from HCV-infected patients were analyzed. PCR amplifications of the 5'UTR region exhibited the highest sensitivity (100% vs 91% for LiPA and 77% for NS5B). Genotype determination, taking as reference test NS5B, showed 100% concordance with the other methods, and 67% and 59% for subtypes with 5´NC and LiPA, respectively. NS5B sequencing allowed the identification of subtypes 2j and 2s, which were not detected by the other methods. A specific LiPA pattern was not observed for HCV subtype 2j. Conclusion: Although being the methodology with lowest sensitivity for amplification of HCV RNA, sequencing NS5B region remains a powerful tool for correct discrimination of the different HCV subtypes, which is of epidemiological relevance.

Mutaciones K130M y V131I del gen X en aislados venezolanos del virus de hepatitis B / K130M and V131L Mutations on the X gene of hepatitis B virus in Venezuelan isolates

Aproximadamente el 50% de los carcinomas hepatocelulares (CHC) en el mundo están etiológicamente asociados con la infección por el virus de hepatitis B (VHB). Se han descrito 10 genotipos del VHB (A-J). En Venezuela y en varios países latinoamericanos predomina el genotipo F. Las mutaciones K130M y V131I presentes en la proteína HBx del VHB han sido asociadas al desarrollo del CHC. El objetivo de este trabajo fue estudiar la variabilidad genética de la proteína HBx del VHB circulante en pacientes venezolanos, con el fin de correlacionar estas mutaciones con los parámetros clínicos y virológicos de la enfermedad. Se analizó la secuencia del gen X del VHB, mediante amplificación por PCR de un fragmento de ese gen, en 45 pacientes infectados (35 crónicos y 10 agudos). Se observó una mayor frecuencia de las mutaciones K130M y V131I en pacientes de 25 o más años y con infección crónica. La presencia de estas mutaciones fue significativamente menor en el subgenotipo F3, comparado con el genotipo C. Estos resultados refuerzan la hipótesis de que el subgenotipo F3, predominante en Venezuela, podría estar asociado a una progresión menos severa de la enfermedad que la descrita para otros subgenotipos americanos, como F1b o F2.

Approximately 50% of the hepatocellular carcinomas (HCC) in the world are etiologically associated to hepatitis B virus (HBV) infection. Ten HBV genotypes (A-J) have been described in Venezuela and in other Latin American countries where the F genotype predominates. The K130M and V131I mutations present in the HBx protein of HBV have been associated with the development of HCC. The aim of this work was to study the genetic variability of HBx protein from HBV circulating in Venezuelan patients, in order to correlate these mutations with clinical and virus factors involved in the disease. The X HBV gene sequence was analyzed by PCR amplification of that gene in 45 infected patients (35 with chronic and 10 with acute stages of hepatitis). A higher frequency K130M and V131I mutations was observed in subjects 25 years of age and older with chronic infection. The presence of these mutations was significantly lower in the F3 subgenotype compared with genotype C. These results support the hypothesis that the F3 subgenotype, predominant in Venezuela, could be associated with a less severe progression of the disease than that described for other American subgenotypes, such as F1b or F2.

Infección por el virus de la hepatitis C (HCV) en pacientes hemodializados seronegativos para anticuerpos anti-HCV / Hepatitis C virus (HCV) infection in hemodialysed patients seronegative for anti-HCV antibodies

La infección por el virus de la hepatitis C (HCV) es común en pacientes hemodializados. Se evaluaron 43 sueros de pacientes de la Unidad de Diálisis “Dr. José Maza Carvajal” del Servicio Autónomo del Hospital Universitario “Antonio Patricio de Alcalᔠ(SAHUAPA), en Cumaná, estado Sucre. Se determinaron anticuerpos IgG séricos contra el HCV (anti-HCV) utilizando tres técnicas inmunoenzimáticas. Para amplificar la región 5’ no codificante (5’NC) se usó la técnica de transcripción reversa de la reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR), en muestras positivas y negativas para anti-HCV. La presencia de anticuerpos y RNA del HCV fue de 9,3% y la presencia de RNA del HCV en pacientes con anti-HCV negativos fue de 42%, lo cual representó una frecuencia de infección activa de 51%. Análisis filogenéticos de la región 5’NC evidenciaron que el genotipo 2 fue el más prevalente, en particular el subtipo 2b, seguido por el genotipo 1, mientras que en siete muestras no se logró identificar el subtipo. La presencia de un alto número de pacientes seronegativos e infectados con el HCV puede deberse al estado de inmunocompromiso de estos pacientes; de allí la importancia de la determinación de la viremia.

Hepatitis C virus infection is common in hemodialysed patients. Sera from 43 patients from the Dialysis Unit “Dr. José Maza Carvajal” of the University Hospital “Antonio Patricio de Alcalá”, in Cumana, Sucre state, were evaluated. Antibodies against HCV (anti-HCV) were determined using three immunosorbent assays. The 5 ‘non-coding (5’NC) HCV region was amplified by RT-PCR in all samples. The presence of antibodies and HCV RNA was 9.3% and of HCV RNA in seronegative sera 42%, which represents a frequency of infection of 51%. Phylogenetic analysis of the 5’NC region showed that genotype 2 was the most frequently found, particularly due to subtype 2b, followed by genotype 1, while seven subtypes could not be determined. The presence of a high number of seronegative HCV-infected hemodialysed patients might be due to the immunocompromised condition of these patients; hence the importance of determining the viremia.

Desempeño de estuches comerciales para el diagnóstico serológico de las hepatitis virales B y C en poblaciones yanomami y piaroa del estado Amazonas / Performance of commercial kits for serologic diagnosis of viral hepatitis B and C in yanomami and piaroa populations from Amazonas State

Los virus de hepatitis son una causa importante de morbilidad y mortalidad en la cuenca amazónica. El objetivo de este estudio fue evaluar el desempeño de estuches serológicos para la determinación de marcadores de VHB y VHC en población indígena. Se determinó la presencia de anti-HBc, agsHB, anti-VHC y de genomas virales en sueros de individuos piaroa y yanomami. Más de 50% de las muestras reactivas por un inmunoensayo comercial no resultaron positivas al usar otros estuches. El marcador serológico para el cual se observó una mayor concordancia entre los estuches comerciales fue el anti-HBc, posiblemente porque se trata de un ensayo de inhibición. La concordancia entre los ensayos para agsHB con la positividad de la PCR fue de pobre a moderada, coincidiendo sólo dos de los ensayos con los resultados de la PCR. No existió concordancia entre los distintos ensayos inmunoezimáticos, ni con la presencia del ARN viral para VHC. Las discrepancias inesperadas entre distintos estuches comerciales pudieran deberse a características inherentes a estas poblaciones, tales como múltiples coinfecciones, en especial parasitarias. Estos factores pudiesen estar afectando la especificidad de los estuches diagnósticos, situación observada con menor frecuencia en otras poblaciones venezolanas. Estos estudios refuerzan la importancia de la validación de pruebas serológicas en estas poblaciones, con ensayos confirmatorios y moleculares.

Hepatitis viruses are an important morbility and mortality cause in the Amazon basin. The goal of this study was to evaluate the performance of commercial serologic kits for determination of HVB and HVC markers in indigenous populations. Presence of anti-HBc, HBags, anti-HVC and viral genomes was determined in sera from piaroa and yanomami individuals. Over 50% of the samples reactive with one of the commercial kits were not positive when using other kits. The serologic marker which showed the highest concordance among the commercial kits was anti-HBc, possibly because it is an inhibition assay. Concordance among assays for HBags and PCR positivity varied between poor and moderate; only two of the tests coincided with the PCR results. There was no concordance among the various immunoenzymatic assays, nor in viral RNA presence for HVC. The unexpected discrepancies among the various commercial kits could be due to inherent characteristics of these populations such as multiple co-infections, especially parasitic. These factors could be affecting the specificity of the diagnostic kits, situation less frequently observed in other Venezuelan populations. This study emphasizes the importance of validating serologic tests in these populations, through confirmation and molecular assays.

Prevalence of antiretroviral drug resistance among treatment-naive and treated HIV-infected patients in Venezuela

An in-house, low-cost method was developed to determine the genotypic resistance of immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) isolates. All 179 Venezuelan isolates analysed belonged to subtype B. Primary drug resistance mutations were found in 11 percent of 63 treatment-naïve patients. The prevalence of resistance in isolates from 116 HIV-positive patients under antiretroviral treatment was 47 percent to protease inhibitors, 65 percent to nucleoside inhibitors and 38 percent to non-nucleoside inhibitors, respectively. Around 50 percent of patients in the study harboured viruses with highly reduced susceptibility to the three classical types of drugs after only five years from their initial diagnoses.

High prevalence of secondary resistance mutations in Venezuelan HIV-1 isolates

Se estudiaron pacientes seropositivos para el virus de inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1) con y sin tratamiento, con el fin de determinar el polimorfismo y la prevalencia de mutaciones de resistencia a la terapia antirretroviral. El material genético viral fue extraído a partir de células mononucleares de sangre periféricas (ADN) y del plasma (ARN) de 30 pacientes. Se amplificaron 2 regiones del gen Pol, Transcriptasa Reversa (TR) y Proteasa (Pr) y el gen de envoltura (Env) por medio de la técnica de PCR y se obtuvo la secuencia genómica de los productos. Todos los aislados analizados pertenecieron al subtipo B. No se observaron mutaciones primarias asociadas a resistencia a inhibidores de Pr pero sí un alto porcentaje (86 por ciento, 19/22) de mutaciones no asociadas con resistencia sino a restitución de la capacidad replicativa de cepas mutantes (mutaciones secundarias). Se observó la presencia de mutaciones asociadas a resistencia a inhibidores nucleósidos de la TR (INTR) en 35 por ciento (6/17) de los pacientes sometidos a tratamiento, mientras que 12 por ciento (2/17) de ellos presentaron mutaciones de resistencia a inhibidores no nucleósidos de la TR (INNTR). Interesantemente, un paciente no tratado estaba infectado con una cepa que presentaba mutaciones primarias (7,7 por ciento); este resultado sugiere que podría ser importante plantearse el estudio local de determinación de resistencia genotípica en pacientes antes del tratamiento, con miras a minimizar fallas terapéuticas. Se requieren estudios adicionales para evaluar el rol de las mutaciones secundarias en el éxito de la infección viral

Diagnóstico molecular y serológico de un brote de dengue en Coro, estado Falcón-Venezuela / Molecular and serological diagnóstic of an outbreak of dengue in Coro, state Falcon-Venezuela

El virus dengue (VD) es responsable de un espectro de enfermedades que van desde una enfermedad febril autolimitante (FD, fiebre por dengue) hasta las formas severas, fiebre hemorrágica/síndrome de shock por dengue (FHD/SSD). El propósito del presente estudio fue la confirmación serológica y molecular de un brote de dengue en el Estado Falcón, Venezuela con la finalidad de confirmar la etiolgía de la enfermedad, determinar los serotipos infectantes y la relación del diagnóstico clínico con las respuestas inmunitarias en los pacientes con infección activa. Se analizaron 54 sueros de pacientes con diagnóstico clínico de infección por VD, mediante inmunoensayos enzimaticos desarrollados en Venezuela (ELISA, IgM e IgG) y por PCR. El 78 por ciento de los pacientes mostró evidencia de infección por VD (PCR+ y/o IgM), 48 por ciento presentaron viremia demostrada por PCR+ y 57 resultaron positivos a IgM, lo que sugiere que un alto número de los casos reportados como dengue en el país se deben efectivamente a la infección por VD. Un hecho resaltante fue el alto porcentaje (76 por ciento) de pacietnes con infección pasada o secundaria al VD (IgG positivos), dentro de los cuales se encontraban la totalidad de los pacientes diagnósticados clínicamente con FHD (n=8). De los pacientes PCR positivos, el 27 por ciento correspondió al serotipo 1,54 por ciento al serotipo 2 y 19 al serotipo 4. Para el momento de esta evaluación no se determinó la presencia del serotipo 3, aunque se conocía de su presencia en la cercana Isla de Aruba, la combinación de métodos serológicos y moleculares nos permitió obtener una información bastante precisa de este brote.